Iako je zvanična Podgorica krenula putem obnove crnogorske države krajem devedesetih godina prošlog vijeka, to je bilo omogućeno tek 2006. godine zbog pritisaka koji su dolazili iz Beograda. Iako je ideja obnove crnogorske nazavisnosti inicijalno imala odobrenje velikih sila, situacija se drastično mijenja nakon pada jugoslovenskog predsjednika Miloševića i dolaska Vojislava Koštunice.
Uz podršku Brisela, potpisan je “beogradski sporazum” koji je onemogućio održavanje referenduma de iure na period od tri godine, a de facto četiri, jer je trebalo da prođe još neko vrijeme kako bi se pomenuti (ne)sporazum ratifikovao u republičkim parlamentima. Na taj način stvorena Državna Zajednica Srbija i Crna Gora.
Novi državni okvir donio je pojedine promjene u odnosima dvije republike, ali ne i suštinske. Savezni sud je premješten u Podgoricu, ali je adresa svim ostalim saveznim organima kao i diplomatskim predstavništvima bila u Beogradu. Za prvog, a ispostaviće se i posljednjeg predsjednika Državne Zajednice, bio je izabran posrednim putem crnogorski političar Svetozar Marović. Umjesto ustava, SCG je imala Ustavnu povelju. Shodno novom državnom okviru, Republika Crna Gora morala je da ukine svoje Ministarstvo inostranih poslova, koje je postojalo u Saveznoj Republici Jugoslaviji. Ipak, SRJ je u mnogim sferama nastavila da živi. U saveznom parlamentu nijesu se mogli dogovoriti oko simbola, te je tako zastava je ostala ista, grb isto, himna “Hej, Sloveni” takođe. Kao međunarodne putne isprave se i dalje štampao pasoš SRJ. Valuta u Crnoj Gori je ostao euro. U se Topčideru umjesto novog jugoslovenskog dinara štampao srpski dinar, te je ta valuta imala velike šanse da zaživi i u Crnoj Gori u slučaju neuspjeha referenduma. U sportu su svega nekoliko reprezentativnih utakmica odigrani u Podgorici (2 odbojkaške i 1 fudbalska).
Ni u kulturnoj sferi se stvari nijesu odigravale baš najsjajnije, čemu svjedoče tenzije na izboru predstavnika SCG na Euroviziju, a pogotovo na festivalu Evropesma-Europjesma 2006. godine u Beogradu.
Referendum su, shodno zakonu sprovodili Republička komisija za sprovođenje referenduma o državnom statusu Republike Crne Gore (Republička komisija), komisija za sprovođenje referenduma o državnom statusu Republike Crne Gore u opštini (opštinske komisije) i glasački odbori. Referendum se finansirao iz republičkog budžeta, a u svrhu referendumske kampanje, taborima obje referendumske opcije dodijeljeno je po milion eura.
Odlukom Skupštine utvrđeno je da će se referendum održati u nedjelju, 21. maja 2006. godine. Izaslanik Evropske unije za sprovođenje referenduma o nezavisnosti bio je političar iz Slovačke Republike Miroslav Lajčak. Na njegov prijedlog je, nakon političkih nesuglasica unutar Crne Gore, za predsjednika Republičke komisije izabran dr František Lipka, takođe slovački diplomata.
Kampanja za organizaciju referenduma su zapravo počele i prije usvajanja Zakona o referendumu o državno-pravnom statusu. Tako se Pokret za nezavisnu evropsku Crnu Goru, predvođen Radom Bojovićem posebno isticao i organizovao je aktivnosti godinama prije same održavanja referenduma. Ipak, sve političke partije i struje koje su zastupale politiku crnogorske samostalnosti i nezavisnosti su se ujedinile u Blok za nezavisnu Crnu Goru, predvođenim Milom Đukanovićem.
Na drugoj strani bio je Blok za zajedničku državu SCG, predvođen Predragom Bulatovićem.
Kampanja za nezavisnost se bazirala na porodičnim vrijednostima, promociji dostignuća Crne Gore kroz vjekove i prespektivu koje nezavisnost Crnoj Gori donosi. Dominantna boja bila je crvena, a ikonografiju je pravila riječ DA zaokružena srcastim oblikom.
Sa druge strane, blok za zajedničku državu je imao je kampanju prevashodno namijenjenu mlađoj populaciji. Za razliku od suptilnih i klasičnih reklamnih spotova koje je koristio blok za nezavisnost, blok za zajedničku državu koristio je spotove koji nijesu asocirali na njihov stav niti prenosili glavnu poruku sve do posljednjih sekundi video zapisa. Slogani koje su upotrebljavali bili su “ima nas više nego dovoljno da kažemo – ne” i “Crna Gora nije na prodaju”. Takođe, cijela kampanja je bila bazirana na protivljenje osnivanju “privatne države Crne Gore”.
Nakon Cetinja i Bijelog Polja, završni skup Bloka za nezavisnost održan je 18. maja u Podgorici, na Trgu Republike. Veličanstvenom i neponovljivom skupu ikad održanom u Crnog Gori prisustvovalo je preko 100 hiljada ljudi okupljenih iz svih krajeva Crne Gore. To je bio dan kada je Podgorica doslovno bila obojena crvenom bojom crnogorske zastave. Narod je počeo da se okuplja od jutarnjih sati. Program je zvanično počeo u 5 časova poslijepodne, a trajao je do kasnih večernjih sati.
21. maja 2006. godine u 8 časova bila su otvorena glasačka mjesta.
Referendum je nadziralo preko 3000 domaćih i inostranih posmatrača. Glasačka mjesta su zatvorena u 20 sati. Prvi preliminarni podaci saopšteni su u oko 23 časa da je za približno 55,62% glasova podržalo opciju za nezavisnost Crne Gore. Nakon objavljenih preliminarnih rezultata, slavilo se na ulicama Podgorice, Cetinja, Nikšića, Budve, Kotora i svih crnogorskih gradova.
Prema konačnim podacima, za opciju “Da” glasalo je 55,45%, što je bilo dovoljno za obnovu Nezavisne Crne Gore prelaskom cenzusa od 55 procenata koje je postavila EU i izbjegavanje takozvane “sive zone” (50-55%) u kojoj bi većinska volja građana bila nadjačana manjinskom voljom. Ukupno je glasalo 419.240 građana ili 86,5 odsto od ukupnog biračkog tijela.
Nezavisnost Crne Gore podržalo je 230.661 građana ili 55,5%, dok je za ostanak zajedničke države sa Srbijom bilo 185.002 ili 44,5% građana.
Dana 3. juna 2006. godine, Skupština je konačno proglasila nezavisnu Crnu Goru. Nakon preporuka Generalne skupštine UN-a 22 juna, crnogorski barjak se zaviorio ispred sjedišta Ujedinjenih nacija 28. juna 2006. godine, kada je Crna Gora postala najmađa članica Ujedinjenih nacija.